Denumirea Marea Neagră apare în secolul al XV-lea, odată cu extinderea Imperiului Otoman. Există mai multe ipoteze despre originea acestei denumiri, toate disputate:
- Cea mai populară, dar neconfirmată ipoteză afirmă că ar fi culoarea mării la vreme rea (de fapt, sub nori, toate mările sunt întunecate)
- O altă ipoteză des citată în sursele anglo-saxone este că Neagră ar fi o traducere a cuvântului scitic axaïna
- O a treia ipoteză este că denumirea provine de la Turcii Selgiucizi instalați în Anatolia (regiune din sudul Turciei) din secolul XI, apoi generalizată de Otomani. Conform acestei ipoteze, nordul era simbolizat de culoarea neagră, iar Marea de la Nord este de fapt Marea Neagră.
Alte denumiri ale Mării Negre de-a lungul istoriei:
- Primele popoare menționate ca locuitoare ale țărmurilor Mării Negre, Cimerienii și Sciții, o denumeau „Axaina”, adică "albastru închis"
- În vremea colonizării grecești, marea se numea „Pontos Euxeinos”, adică "marea primitoare"
- Romanii au denumit-o „Pontus Euxinus” și „Mare Scythicum”
- În Evul Mediu, denumirile care apar sunt: „Megali Thalassa" (preluată în românește ca „Marea cea mare” în documentele lui Mircea cel Bătrân) și "Chechias Thalassa", adică „Marea Crivățului"